Известно, что при добавлении дополнительного домена в cPanel создается и поддомен, который отображает содержимое дополнительного домена. Каким образом можно этого избежать?

Есть способ закрыть отображение поддомена через запись в файле .htaccess в папке дополнительного домена, а именно:

RewriteEngine On
RewriteCond %{HTTP_HOST} addon.maindomain.com$
RewriteRule ^(.*)$ "http://maindomain.com/404"; [R=301,L]

Где:

addon.maindomain.com - полное имя поддомен.основной домен
maindomain.com - полное имя основного домена