Можно ли получить отдельные FTP аккаунты для моих поддоменов?

Да, на данный момент такая возможность введена и доступна из Вашей панели управления аккаунтом в cPanel.
Внимание! Дополнительный логин ftp выглядит так: login@domain.com - именно в таком виде его необходимо вводить.