Подскажите, пожалуйста, как удалить через FTP неудаляемые файлы?

Попробуйте через cPanel -> Диспетчер файлов.
Если это не помогает, то обратитесь в поддержку через Ваш биллинг аккаунт..

Вход в панель управления
Восстановление пароля
Вход / Регистрация