Как сделать, чтобы .cgi и pl скрипты запускались не только из папки /cgi-bin?

Пропишите в корневой .htaccess следующие записи:

AddHandler cgi-script .cgi .pl
Options +ExecCGI

Также скриптам надо дать права chmod +x (755)

Вход в панель управления
Восстановление пароля
Вход / Регистрация