Наша организация зарегистрирована за пределами РФ со счетом не в рублях РФ. Можем ли мы с Вами работать официально с договором и полным документооборотом?

К сожалению, нет. В Вашем варианте возможна только работа как с физ. лицом на основании договора оферты.

Заключить с нами договор и работать как юр. лицо может контрагент зарегистрированный на территории РФ с открытым счетом в банке РФ в местной валюте, т.е. в рублях РФ.