Вероятно, это связано с тем, что отправленные письма не проходят проверку DMARC на стороне получателя.
https://help.mail.ru/mail-help/postmaster/dmarc
Чтобы проверка проходила успешно необходимо настроить SPF и DKIM записи для доменов. Вы можете включить и при желании дополнительно настроить эти записи в cPanel, раздел Электронная почта, подраздел Проверка подлинности.
Также в скрипте отправки должен быть указан обратный адрес (параметр from) - ящик на Вашем домене и он должен быть создан.