Свой php.ini использовать нельзя, но на серверах с выбором версий PHP Вы можете изменять все необходимые серверные параметры в разделе "Модули и настройки php" для каждой версии PHP в отдельности.
На серверах, где отсутствует данный раздел изменять необходимые параметры можно только через файл .htaccess